Cela dépend du contexte. Mais la plupart du temps « sed, grep, awk, sort, uniq » et parfois associé avec un outil de visualisation/statistiques comme R. Surtout pour extraire des données pertinentes qui sont souvent innaccessibles dans les données de logs, comme des corrélations dans le temps, des patterns cachés dans le bruit, etc.

Tu peux aussi regarder du côté de Etsy qui a développé de nombreux outils pour analyser les logs. http://etsy.github.com/