Ça n’est pas si récent que cela, mais je vois au moins 2 exemples:
– L’affaire des paillottes
– L’affaire de écoutes de l’Élysée

http://www.ldh-ales.net/spip.php?article28

En fait, tout repose sur la théorie de la « baïonnette intelligente » qui stipule que l’engagement (d’obéissance) du militaire ne le dispense pas de la réflexion et de la responsabilité de ses actes (http://fr.wikipedia.org/wiki/Ba%C3%AFonnette_intelligente).

Le problème à mon sens et que le maintien dans un poste, voire même l’avancement est à présent soumis à l’obéissance aveugle.
De plus, les critères pour définir un « ordre manifestement illégal » n’existent pas. Il est donc difficile pour un fonctionnaire (ou assimilé car les militaires ne sont pas fonctionnaires) de juger, dans le feu de l’action et sans recul possible (ormis des exemples flagrants comme l’affaire des paillottes), de la légalité (ou pas) d’un ordre.

Enfin, la règle par défaut est celle de la confiance, notamment envers sa hiérarchie. Commençons donc par taper très fort sur les donneurs d’ordre car ce sont eux qui provoquent d’une manière ou d’une autre les agissements illégaux. Lorsque la hiérarchie cessera de donner des ordres illégaux, les subordonnés cesseront de les appliquer.

Ces articles de loi ne sont à mon sens là que pour dédouaner les chefs. Ils peuvent alors demander tout est n’importe quoi et transfère la responsabilité de l’appréciation sur leurs subordonnés. De par leur position, ils ne sont souvent pas à même de déceler l’illégalité de l’ordre.