Ce message d’erreur n’apparait que pour les applis qui ne sont pas signées, et n’impose pas que l’appli vienne de l’App Store.

Par exemple, Firefox est une appli signée mais ne vient pas de l’App Store.

Si l’appli Kobo de la Fnac ne « marche pas », c’est tout simplement que la Fnac ne l’a pas signée.
Nul doute que cet oubli sera corrigé bientôt, à mesure que les retours de clients sous Mountain Lion arriveront.